Rozdělění mikroorganismé podle prostředí
Mikroorganismy a jejich činnost jsou závislé na vnějším prostředí. To působí různými fyzikálními, chemickými a biologickými faktory. Mohou se do určité míry změnám prostředí přizpůsobovat ale tyto možnosti mají určitou hranici, po jejímž překročení následuje zastavení růstu nebo smrt. Mikroby ve vztahu k teplotě prostředí můžeme rozdělit na psychrofilní vyžadující teplotu 15–20 °C, mezofilní vyžadující teplotu 35–37 °C a termofilní rostoucí při teplotách 50–60 °C.
Podle vztahu ke kyslíku se mikroorganismy dělí na aerobní, které rostou jen v přítomnosti kyslíku, anaerobní, které rostou bez přístupu kyslíku, a fakultativně anaerobní, které mají schopnost žít v prostředí s kyslíkem i bez něho. Lze tedy říci, že díky široké rozmanitosti metabolických drah, rychlosti rozmnožování a schopnosti dlouho přežívat nepříznivé podmínky se mikroorganismy vyskytují téměř všude. Jejich studiem se zabývá mikrobiologie a mnoho jejích poddisciplín.