Vztah mezi mikroorganismy a makroorganismy
Vztah mezi dvěma biologickými druhy, může být vztahem symbiózy. Podle vzájemné pozice dvou symbiontů rozlišujeme ektosymbiózu, kdy se jeden ze symbiontů nachází na povrchu těla a endosymbiózu, kdy se jeden ze symbiontů nachází uvnitř druhého. Za ektosymbionta může být někdy považován i organismus, který žije na povrchu tělních dutin, jako je výstelka střev či povrch perikardu, ale častěji je tento typ řazen do endosymbiotických svazků. Jedním ze symbiotických vztahů je komenzalismus, což je vztah, který jednomu organismu přináší užitek a druhému ani neškodí ani neprospívá. U člověka to může být mikroflóra dutiny ústní a kůže. Dalším vztahem je mutualismus, což je vzájemně prospěšný vztah dvou organismů. Příkladem může být člověk a bakterie střevní flóry. Vztah, kdy mikroorganismy žijí s makroorganismem vedle sebe bez vzájemného poškozování nazýváme saprofytismem. Opakem je parazitismus neboli vzájemného soužití, při kterém jeden organizmus (parazit) využívá druhý organismus (hostitele) jako zdroj své potravy i jako své stálé nebo dočasné životní prostředí a svému hostiteli tak přímo nebo nepřímo škodí. Parazitické bakterie, které nemají schopnost vytvořit s hostitelem rovnováhu, nazýváme patogenními. Patogenita je schopnost určitého druhu mikroba poškozovat a vyvolat onemocnění a je závislá na druhových vlastnostech hostitele. Míru patogenity určitého mikrobiálního kmene nazýváme virulencí.
Většina bakterií se v kontaktu s povrchem makroorganismu chová pasivně, protože nenachází požadované podmínky ke svému růstu a množení. Některé bakteriální druhy mají schopnost kolonizace, to znamená, že osídlí tělesný povrch bez nepříznivého působení. Pokud bakterie pronikne do těla a pomnoží se v něm, mluvíme o infekci.